Ведется учет по двум организациям (склад при этом один). При формировании документа "Инвентаризация товаров на складе" устанавливается организация, для которой делается инвентаризация, и склад. Почему при заполнении по кнопке "Заполнить по остаткам на складе" в табличную часть документа попадает общий остаток товара по двум организациям?

Выбор в документе "Инвентаризация" организации предназначен только для того, чтобы печатать соответствующие ведомости.

С точки зрения управленческого учета ведется учет остатков товаров без разделения по организациям. То есть на складе лежит общий товар и по организациям он не разделяется.

В конфигурации как кассы общие для всех организаций, так и склады общие для всех организаций. Поэтому, если товар принадлежит разным организациям и требуется его отдельный учет, то его надо разносить по разным складам.