Как правильно оформить переходящий больничный лист, если человек в это время находился в отпуску?

Во второй редакции бюджетной конфигурации не реализованы механизмы вытеснения расчетов. Поэтому для разрешения сложившейся ситуации можно воспользоваться следующей схемой:

1. Рассчитать вручную сумму за период больничного листа по среднедневной отпускного.
2. В следующий расчетный период внести новый документ "Приказ на отпуск", в котором указать в качестве периода отпуска количество дней по больничному и указать рассчитанную вручную сумму за эти дни со знаком "минус". При проведении документа произойдет сторнирование как начислений, так и удержаний по этому вида расчета.