Как в типовой конфигурации оформить операцию, когда товар отгружаем одному клиенту, а оплата за этот товар приходит от другого клиента?

Для отражения такой операции следует оформить соответствующие документы на отгрузку и оплату на различных контрагентов, а затем при помощи документа "Акт взаимозачета" оформить зачет задолженностей между этими контрагентами.