Каким образом отражать брак, который система контроля качества пропустила на склад (брак не выпускается из производства, а обнаруживается уже на складе готовой продукции, поэтому вариант с выпуском, сразу с качеством "Брак", не подходит)?

Если брак обнаружился после проведения Отчета производства за смену, значит прежде чем передавать продукцию на затраты по браку Требованием-накладной, следует провести корректировку качества продукции, по которой после отражения выпуска обнаружился брак.