Каким образом в программе можно отразить услуги банка за проведения операций по расчетному счету с учетом того, что никакими актами данные услуги не закрываются?

В данном случае можно сразу при проведении платежа, отнести сумму на затраты. Для проведения такой операции следует ввести документ "Платежное поручение исходящее" с видом операции "Прочее списание безналичных денежных средств".

Для отражения операции в налоговом учете следует выбрать способ отражения в налоговом учете, отличный от значения "Не отражать" и соответствующие налоговые реквизиты.