Можно ли использовать обработку "Поиск и замена значений" для справочников "Ключи аналитики вида учета", "Ключи аналитики распределения затрат", "Ключи аналитики учета затрат", "Ключи аналитики учета партий", "Ключи аналитики учета прочих затрат" для удаления из них неиспользуемых элементов?

В данном случае обработку "Поиск и замена значений" использовать не рекомендуется.

Для этой цели следует воспользоваться обработкой "Тестирование и исправление ключей аналитики", расположенную в интерфейсе "Заведующий учетом" в меню "Настройка учета" - "Расширенная аналитика учета" - "Тестирование и исправление ключей аналитики" с установленным флагом "Удаление ключей аналитики, на которые нет ссылок".