Автоматическое заполнение номенклатурой табличной части "Налоговой накладной" пропорционально частичным платежам или отгрузкам в конфигурации не предусмотрено.
Формирование дерева подчиненности документов проходит в два этапа. На первом этапе для выбранного документа определяется главный документ. На втором этапе от главного документа разворачивается структура подчиненности. Этим и объясняется описанная ситуация. В документе "Налоговая накладная" указывается заказ и родительский документ. В качестве заказа выступает "Договор", а в качестве родительского документа - "Расходная накладная", у которой в свою очередь заказом является этот же договор, т.е. главный документ совпадает в двух ветках подчиненности.