Используется РАУЗ. Оформлена приходная накладная на оборудование, а также ГТД по импорту. При принятии к учету, в первоначальную стоимость ОС в УУ не попадает сумма, а стоимость в БУ отображается без учета пошлины. В чем ошибка?

Это корректное поведение системы при использовании РАУЗ.

Необходимо оформить документ "Расчет себестоимости", который корректируя стоимость списания оборудования со склада, одновременно корректирует и первоначальную стоимость ОС.

Более подробно описано в статье "Особенности учета основных средств при использовании расширенной аналитики учета затрат".