Каким образом нужно настроить программу, чтобы индексация рассчитывалась пропорционально отработанному времени, если сотрудник часть месяца находился в отпуске?

Для того, чтобы при расчете заработной платы "Индексация фиксированной суммой", а также "Индексация зарплаты" начислялись пропорционально отработанному времени, необходимо в плане видов расчетов "Основные начисления организаций" для этих видов расчетов на закладке "Прочее" заполнить список "Вытесняющие расчеты", т.е. указать перечень неявок, которые влияют на отработанное время (например, "Оплата отпуска", "Оплата больничных листов" и т.п.).

Вариант алгоритма расчета индексации выбирается в регистре сведений "Варианты алгоритмов расчета зарплаты" (меню "Сервис"). Следует выбрать вариант "Для всех сотрудников".