Можно ли в конфигурации выводить основание использования льготы по НДС в налоговой накладной?

Возможность указания основания для льготы по НДС реализована в типовой конфигурации, начиная с редакции 2.5.

Указать льготу по НДС можно либо в справочнике "Номенклатура" для отдельного ТМЦ, либо в целом по налоговой накладной. При формировании печатной формы налоговой накладной указанная льгота будет использоваться при заполнении графы 10 разделов I и VI.

Следует обратить внимание на то, что возможность использования льгот доступна только при использовании ставки "Без НДС", а сам список льгот задан в справочнике "Налоги и отчисления" в группе "Льготы НДС", поэтому при необходимости его можно корректировать или дополнять.