Можно ли в "Платежной ведомости" выплатить задолженность сотрудникам произвольными суммами или процентом в режиме "Выплата з/п с погашением всех долгов"?

В первой редакции такой возможности нет. Это связано с тем, что нет четкого определения, по какому принципу закрывать задолженность (пропорционально, по FIFO или по LIFO), к тому же во избежание излишней путаницы лучше, чтобы такое распределение выполнял бухгалтер.