Почему корректировка внутреннего заказа не учитывается при заполнении заказа на производство?

Есть особенность заполнения заказа на производство по внутреннему заказу: учитывается только та номенклатура, которая явно указана в исходном внутреннем заказе.

Если в Вашем случае такая типовая логика не подходит, то стоит написать свою подключаемую обработку заполнения табличной части документа.