Почему при выплате остатков задолженности по заработной плате, внесенной при помощи документа "Ввод начальных остатков по ЗП", сумма к выплате равна всей начисленной сумме, а не сумме задолженности?

Такое поведение программы связанно с ошибкой при внесении остатков пользователем.

Остатки должны вноситься при установленном периоде, соответствующем месяце предыдущему периоду начала работы в программе. При этом дата документа должна быть более ранней, чем значение константы "Дата начала работы". Например, если остатки вносятся на 1 января 2004 года, то период внесения остатков должен быть - декабрь 2003 г., а константа "Дата начала работы" должна быть установлена равной 01.01.2004.

Подробнее о порядке ввода остатков по заработной плате см. в статье "Внесение остатков взаиморасчетов по заработной плате сотрудников".