Как настроить программу для формирования номера налоговой накладной с учетом номера филиала?

Для правильного заполнения налоговой накладной с учетом филиала, в справочнике "Организации" на закладке "Регистрация в налоговой инспекции" в группе реквизитов "Использование в налоговых документах", по филиалу обязательно должно быть заполнено поле "Номер филиала" (должны быть указаны только цифры). При необходимости, в соответствующем поле также можно указать дополнение к полному названию организации.

При формировании печатной формы документов "Налоговая накладная", "Приложение 1 к налоговой накладной" и "Приложение 2 к налоговой накладной" номер филиала будет добавлен в соответствующие ячейки порядкового номера документа.

См. подробнее статью "Заполнение форм налоговых документов в зависимости от делегированных прав филиалу/структурному подразделению".