В результате своей деятельности предприятие получает накладные с различными ставками НДС (одна накладная содержит ТМЦ с льготной ставкой НДС и 20%-ой ставкой). Как правильно отразить подобные хозяйственные операции, чтобы корректно закрывались счета по взаиморасчетам (цепочка: оплата - приход/расход) и НДС?

Следует использовать следующую методику:

1. Отражение предоплаты при помощи "Банковской выписки" или "Приходного кассового ордера". Следует вручную откорректировать суммы НДС (и при необходимости НДС предварительной отгрузки).
2. Для каждой ставки НДС необходимо внести отдельный налоговый документ ("Запись книги приобретения" или "Налоговую накладную", соответственно).
3. В "Приходной накладной" ("Расходной накладной") необходимо установить флаг "Указывать сумму предварительной оплаты вручную" (закладка "Дополнительно") и вручную указать НДС предварительной оплаты.

Если такие операции являются достаточно частыми, то стоит подумать над административными методами разделения ТМЦ с НДС и без НДС по разным документам (например, заказывать и оплачивать отдельно ТМЦ с льготной ставкой НДС и 20%-ой ставкой).