В связи с чем в проведенных документах "Заказ покупателя" и "Реализация товаров и услуг" при изменении контрагента не изменяются автоматические скидки, а при добавлении позиций они вообще не указываются?

В проведенном документе автоматические скидки не пересчитываются поскольку такой документ может быть уже распечатан и соответственно менять в нем что-либо автоматически некорректно. Для включения режима автоматического изменения скидок следует отменить проведение документа.