У зв'язку з чим у проведених документах "Замовлення покупця" і "Реалізація товарів і послуг" при зміні контрагента не змінюються автоматичні знижки, а при додаванні позицій вони взагалі не вказуються?

У проведеному документі автоматичні знижки не перераховуються, оскільки такий документ може бути вже роздрукований і відповідно змінювати в ньому щось автоматично некоректно. Для увімкнення режиму автоматичної зміни знижок слід скасувати проведення документа.