В регламентированном учете сотрудник работает на двух предприятиях в различных подразделениях. Его заработная плата отражается на различные счета затрат. Как реализовать такое же отражение заработной платы (на разные подразделения) в управленческом учете?

В управленческом учете нельзя принять сотрудника по совместительству (или в несколько подразделений).

Соответственно можно предложить два варианта реализации.

Вариант 1.

В при приеме на работу в управленческом учете указать способ отражения с условной статьей затрат и номенклатурной группой

Соответственно, в документе "Отражение зарплаты в упр.учете" эта сумма будет видна отдельной строкой и ее можно будет разбить на 2 части (вручную), а строку с условными затратами можно удалить.

Вариант 2.

В приказе о приеме снять флаг "Учитывать начисления по организации", т.е. не отражать для такого сотрудника регламентированные начисления в управленческом учете.

Зарплату в управленческом учете вводить такому сотруднику надо отдельно документом "Начисление зарплаты" двумя разными видами расчета, для каждого из которых установить свой способ отражения.