Чи можливо сформувати ціни продажу, використовуючи документ "Встановлення цін номенклатури", відсотком від собівартості (ціни закупівель + додаткові витрати) х %?

Для цього потрібно, щоб у програмі ціна могла формуватися на підставі собівартості, а не закупівельної ціни. Це не реалізовано в програмі.

Можемо порекомендувати робити так:

Скопіювати документ надходження, натиснути в ньому кнопку "Змінити" і рознести суму додаткової витрати за позиціями ("за сумою" або "за кількістю"), потім сформувати ціну постачальника документом "Встановлення цін номенклатури контрагента" (у типі цін номенклатури контрагента має бути вказаний базовий "тип цін номенклатури", на підставі якого розраховуються всі інші ціни продажу) або, якщо на кнопці "Ціни та валюта" встановлено прапорець "Реєструвати ціни постачальника", ціна надходження автоматично зареєструється під час проведення документа.

Потім на підставі документа надходження формувати свої ціни продажу, потім видалити цей документ надходження.